Tới tháng 1 năm 2010, đã có 15 Nghị định thư bổ sung vào Công ước được mở ngỏ cho các bên ký kết. Các nghị định thư này có thể chia thành 2 nhóm chính: các nghị định thư thay đổi bộ máy của công ước, và những nghị định thư thêm vào các quyền bổ sung cho những gì được công ước bảo vệ. Nhóm nghị định thư cũ đòi phải được mọi nước thành viên phê chuẩn mới có hiệu lực, trong khi nhóm sau là những Nghị định thư tùy chọn, chỉ có hiệu lực giữa các nước thành viên phê chuẩn (thường là sau khi một số nhỏ của các quốc gia phê chuẩn là bắt đầu có hiệu lực).

Nghị định thư 1

Nghị định thư này có ba loại quyền khác nhau nhưng các nước ký ban đầu không thể đồng ý đưa vào trong nội dung Công ước. Monaco và Thụy Sĩ đã ký kết nhưng chưa bao giờ phê chuẩn Nghị định thư 1.[21]

Điều 1 - quyền sở hữu

Điều 1 quy định quyền sở hữu tức quyền bình an hưởng các tài sản của mình.

Điều 2 – giáo dục

Điều 2 cho quyền được hưởng sự giáo dục và quyền của cha mẹ có các con được giáo dục phù hợp với tôn giáo và các quan điểm khác của chúng. Tuy nhiên không có sự bảo đảm ở trình độ giáo dục đặc biệt nào của bất cứ chất lượng đặc biệt nào.[22]Mặc dù được ghi trong Nghị định thư như một quyền tiêu cực, trong vụ Leyla Şahin kiện. Thổ Nhĩ Kỳ Tòa án đã phán quyết rằng:

"Thật khó hình dung rằng các cơ sở giáo dục cấp cao tồn tại trong một thời điểm nào đó mà không đưa vào trong câu đầu tiên của Điều 2 của Nghị định thư số 1. Mặc dù điều khoản này không áp đặt nhiệm vụ cho các nước ký kết phải lập ra các cơ sở giáo dục cấp cao, nhưng bất kỳ nước nào đã lập các cơ sở như vậy thì phải có nghĩa vụ cho quyền thực sự theo học các cơ sở này. Trong một xã hội dân chủ, quyền được giáo dục, là không thể thiếu để thăng tiến nhân quyền, đóng vai trò cơ bản như vậy thì sự giải thích hạn chế của câu đầu tiên Điều 2 của Nghị định thư số 1 sẽ không phù hợp với mục tiêu hay mục đích của điều khoản đó"[23]

Điều 3 - bầu cử

Điều 3 quy định về các quyền bầu cử thông thường, tự do và công bằng.

• xem vụ Matthews kiện Vương quốc Anh (1999) 28 EHRR 361

Nghị định thư 4 - giam tù công dân, tự do đi lại, trục xuất

Điều 1 cấm việc bắt giam những người vi phạm hợp đồng. Điều 2 quy định quyền tự do di chuyển trong một nước (từng được coi là hợp pháp ở đây) và cho một quyền rời khỏi bất cứ nước nào. Điều 3 cấm việc trục xuất các công dân và quy định quyền cho một cá nhân được vào nước là tổ quốc của mình. Điều 4 cấm việc trục xuất tập thể những người nước ngoài. Tây Ban Nha, Thổ Nhĩ Kỳ và Vương quốc Anh đã ký nhưng chưa bao giờ phê chuẩn Nghị định thư 4. Andorra, Hy Lạp và Thụy Sĩ chưa hề ký cũng như phê chuẩn Nghị định thư này.

Nghị định thư 6 - hạn chế án tử hình

Đòi các nước ký kết phải hạn chế việc áp dụng án tử hình vào thời chiến hoặc "đe dọa chiến tranh sắp xảy ra".

Mọi nước thành viên của Ủy hội châu Âu đề đã ký và phê chuẩn Nghị định thư 6, ngoại trừ Nga đã ký nhưng chưa phê chuẩn.[24]

Nghị định thư 7 - tội phạm và gia đình

• Điều 1 cho quyền hưởng các thủ tục công bằng đối với những người nước ngoài cư trú hợp pháp phải đối mặt với trục xuất.
• Điều 2 cho quyền kháng án trong các vụ án hình sự.
• Điều 3 cho quyền hưởng bồi thường đối với các nạn nhân bị xử án oan.
• Điều 4 cấm việc xét xử lại bất cứ ai cuối cùng đã được tuyên bố là trắng án hoặc bị kết án về một tội đặc biệt (double jeopardy[25]).
• Điều 5 quy định quyền bình đẳng giữa vợ chồng.

Mặc dù đã ký Nghị định thư này từ hơn 20 năm trước, nhưng các nước Bỉ, Đức, Hà Lan, Tây Ban Nha và Thổ Nhĩ Kỳ chưa hề phê chuẩn. Vương quốc Anh chưa hề ký và phê chuẩn Nghị định thư này.

Nghị định thư 12 – phân biệt đối xử

Áp dụng các lý do mở rộng hiện hành và không xác định của việc phân biệt đối xử bị cấm tại Điều 14 vào việc thực hiện bất kỳ quyền hợp pháp nào và vào các hành động (bao gồm cả các nghĩa vụ) của cơ quan công quyền.

Nghị định thư này có hiệu lực từ ngày 1.4.2005 và tính tới tháng 7 năm 2009 đã có 17 nước thành viên phê chuẩn. Nhiều nước thành viên — cụ thể là Bulgaria, Đan Mạch, Pháp, Litva, Malta, Monaco, Ba Lan, Thụy Điển, Thụy Sĩ và Vương quốc Anh — đã chưa ký kết nghị định thư này.[26]

Chính phủ Anh đã không chịu ký Nghị định thư 12 do họ cho rằng lời lẽ của Nghị định thư này quá rộng, sẽ dẫn tới nhiều vụ tranh chấp mới. Họ cho rằng câu "các quyền do luật đưa ra" có thể bao gồm các công ước quốc tế mà Anh không ký... Tuy nhiên, chính phủ Anh "đồng ý trên nguyên tắc là Công ước châu Âu về Nhân quyền phải có một quy định chống phân biệt đối xử đứng riêng rẽ, không phụ thuộc vào các quyền khác trong Công ước".[27] The first judgment finding a violation of Protocol No. 12 was delivered in 2009 — Sejdić và Finci kiện Bosna và Hercegovina.

Nghị định thư 13 – hoàn toàn bãi bỏ án tử hình

Nghị định thư 13 quy định việc bãi bỏ hoàn toàn án tử hình[28]

Các nghị định thư về thể chế và thủ tục

Các quy định của Công ước ảnh hưởng đến các vấn đề thể chế và thủ tục đã được thay đổi nhiều lần. Những tu chính này - ngoại trừ Nghị định thư 2 –đã sửa đổi văn bản của Công ước. Nghị định thư 2 không sửa đổi văn bản của Công ước như vậy, nhưng quy định rằng nó phải được coi như một phần không tách rời của văn bản. Tất cả các nghị định thư này có cần sự nhất trí phê chuẩn của mọi quốc gia thành viên của Ủy hội châu Âu mới có hiệu lực.

Nghị định thư 11

Các nghị định thư 2, 3, 5, 8, 9 và 10 nay đã được thay thế bởi Nghị định thư 11, có hiệu lực từ ngày 1.11.1998.[29] Nghị định thư này thiết lập một sự thay đổi cơ bản trong bộ máy của Công ước. Nó bãi bỏ Ủy ban Nhân quyền châu Âu, cho phép các cá nhân nộp đơn trực tiếp lên Tòa án Nhân quyền châu Âu, nơi đã được trao thẩm quyền tài phán có tính bắt buộc và thay đổi cấu trúc của công ước. Trước đây các nước thành viên có thể phê chuẩn Công ước mà không chấp nhận quyền tài phán của Tòa án Nhân quyền. Nghị định thư này cũng bãi bỏ các chức năng tư pháp của Ủy ban Bộ trưởng.

Nghị định thư 14

Nghị định thư 14 nối tiếp Nghị định thư 11 đề xuất tiếp tục nâng cao hiệu quả của Toà án. Nó tìm cách "lọc" ra các vụ kiện có ít cơ hội thành công cùng những vụ rất tương tự như các vụ kiện trước đây chống lại cùng một quốc gia thành viên. Ngoài ra, một vụ kiện sẽ không được coi là có thể chấp nhận khi mà nguyên đơn không bị một «thiệt hại đáng kể». Lý do chót này chỉ được sử dụng khi xem xét đơn dựa trên lý lẽ không được coi là cần thiết và mục tiêu của đơn xin đã được một tòa án quốc gia xem xét rồi.Một cơ chế mới đã được Nghị định thư 14 bổ sung để hỗ trợ việc thi hành án do Uỷ ban bộ trưởng. Ủy ban bộ trưởng có thể yêu cầu Tòa án cho một giải thích bản án, và thậm chí có thể đưa một nước thành viên ra trước Tòa án vì việc không tuân thủ một phán quyết trước đó chống lại nhà nước đó. Nghị định thư 14 cũng cho phép Liên minh châu Âu gia nhập Công ước. Nghị định thư này đã được mọi nước thnàh viên Ủy hội châu Âu phê chuẩn, Nga là nước phê chuẩn cuối cùng vào tháng 2 năm 2010. Nghị định thư này có hiệu lực từ ngày 01.6.2010.[30]

Một Nghị định thư 14bis lâm thời đã được đưa ra cho các bên ký kết trong năm 2009.[31] Trong khi chờ phê chuẩn bản than Nghị định thư 14, thì Nghị định thư 14bis được thảo ra để cho phép Tòa án (Nhân quyền) thi hành các thủ tục đã sửa đổi đối với các nước đã phê chuẩn Nghị định thư này. Nó cho phép chỉ một thẩm phán duy nhất có quyền bác các đơn kiện rõ ràng là không thể chấp nhận được chống lại các nước đã phê chuẩn nghị định thư. Nó cũng mở rộng thẩm quyền của các phòng 3 thẩm phán được tuyên bố các đơn kiện chống lại các nước thành viên là có thể chấp nhận, và quyết định theo lý lẽ phải trái, như tiền lệ của Tòa án đã có từ trước. Nay mọi nước thành viên Ủy hội châu Âu đều đã phê chuẩn Nghị định thư 14 và đi vào hiệu lực từ ngày 01.6.2010, thì Nghị định thư 14bis không còn lý do tồn tại nữa.